江河　2009年，全省主要江河75.0%的断面水质优良，70.7%的断面水质达到功能区水质标准。西江、北江、东江、潭江、韩江、漠阳江、螺河陆丰段、黄江河、袂花江、九洲江、鉴江干流和珠江三角洲的主要干流水道水质良好；龙岗河、坪山河、佛山水道、市桥水道、深圳河、梅溪河和练江共7个江段水质受到重度污染，受重度污染江段主要为珠江三角洲流经城市江段和部分水量较小的支流，主要污染指标为粪大肠菌群、氨氮、总磷和耗氧有机物。

116个省控断面中，38.8%的断面水质优，为Ⅰ～Ⅱ类水质；36.2%水质良好，为Ⅲ类水质；9.5%受轻度污染，为Ⅳ类水质；5.2%受中度污染，为Ⅴ类水质；10.3%水质劣于Ⅴ类，受重度污染。

与上年相比，全省主要江河水质总体变化不大，基本持平，水质优良和达到环境功能区标准的断面数均上升6.9个百分点，劣Ⅴ类断面的比例持平。水质明显好转的有平洲水道1个江段；水质好转的有沙湾水道、前山河、小东江湛江段、九洲江和南渡河5个江段；水质恶化的有梅溪河（因粪大肠菌群浓度上升，水质由中度污染下降为重度污染）1个江段。

跨市河流　全省28个跨市河流交界断面完全达标的有20个，总体水质达标率82.4%.东江干流东岸（惠州→东莞）、小东江石碧（茂名→湛江）、鉴江江口门（茂名→湛江）、枫江深坑（潮州→揭阳）、练江青洋山桥（揭阳→汕头）、龙岗河西湖村（深圳→惠州）、坪山河上垟（深圳→惠州）和观澜河企坪（深圳→东莞）共8个断面水质超标，主要超标污染物为溶解氧、化学需氧量、生化需氧量、氨氮和总磷。与上年相比，跨市河流交界断面水质达标率微升0.5个百分点。交界断面水质达标率升高的城市有广州、佛山、河源3个城市，分别上升8.3、6.7和6.2个百分点；下降的有惠州、潮州、茂名和深圳4个城市，分别下降16.7、16.7、5.6和5.5个百分点。

省界河流　由外省流入广东的主要河流有西江干流（广西→广东）及支流贺江（广西→广东）、北江上游浈江（江西→广东）和支流武江（湖南→广东）、东江上游寻邬水（江西→广东）和支流安远水（江西→广东）、九洲江（广西→广东）、韩江支流汀江（福建→广东），共8个跨省交界河流。全省布设监测的有3个省控手工监测断面（封开城上、坪石、石角）、4个省控自动监测站（青溪、坪石、昆仑、南丰），监控西江、武江、浈江、汀江、贺江和九洲江6条省界河流水质。西江省界断面（封开城上）为Ⅱ类水质，水质为优；武江省界断面（坪石）和九洲江省界断面（石角）水质均为Ⅲ类，水质均为良好。与上年相比，九洲江省界断面因氨氮浓度下降，水质好转，由Ⅳ类上升为Ⅲ类，其余2个省界断面水质保持稳定。

湖泊水库　3个省控湖泊中，湛江湖光岩湖为Ⅱ类水质，水质优；肇庆星湖为Ⅲ类水质，水质良好；惠州西湖为Ⅳ类水质，受轻度污染，但仍达到环境功能区划水质要求。8个省控大型水库中，河源新丰江和枫树坝水库为Ⅰ类水质，广州流溪河水库、惠州白盘珠水库和清远飞来峡水库为Ⅱ类水质，水质均为优；珠海杨寮水库、湛江鹤地水库、茂名高州水库为Ⅲ类水质，水质均为良好；营养状态在贫营养和中营养之间。与上年相比，西湖因总磷浓度升高水质由Ⅲ类下降为Ⅳ类，星湖因总磷浓度下降水质由Ⅳ类上升为Ⅲ类，其余湖泊水库水质无明显变化。

入海河口　全省16条主要入海河流中，75.0%河口水质为Ⅱ～Ⅲ类，水质优良；12.5%为Ⅳ类，受轻度污染；12.5%劣于Ⅴ类，受重度污染。东江河口水质最好，为Ⅱ类水质，深圳河口、练江河口水质较差，均劣于Ⅴ类。入海河口主要污染指标为粪大肠菌群、氨氮、石油类和耗氧有机物等。与上年可比的14条入海河流相比，九洲江因石油类浓度下降，水质由Ⅳ类上升为Ⅲ类；磨刀门水道因溶解氧略有下降，水质由Ⅱ降为Ⅲ类；其余入海河口水质基本保持稳定。

近岸海域　全省近岸海域水质状况良好，Ⅰ～Ⅱ类海域比例占82.7%.67个近岸海域功能区水质达标率为97.0%；除深圳市外，其余12个沿海城市近岸海域功能区均完全达标。受污染的近岸海域功能区主要位于珠江口和深圳湾海域，主要污染物为无机氮和活性磷酸盐。与上年相比，南海东部近海海水水质有所好转，水质状况级别由一般上升为良，其中二类海水比例上升3.9个百分点，四类下降3.9个百分点，一类、三类和劣四类海水比例不变。全省及各城市近岸海域功能区水质达标状况保持稳定。