2008年5月1日，《政府信息公开条例》（以下简称《条例》）施行，六年来，如何处理好公开和保密的关系是最令人纠结的问题。保密法的立法指导思想是“以不公开为原则”。《条例》的立法指导思想是“以公开为原则，以不公开为例外”。两者的立法目的显然是冲突的。前者是法律，后者是条例，一旦发生冲突，后者要让位于前者。一些政府信息披上国家秘密的外衣不予公开，也就不足为奇了。
以“国家秘密”为由拒绝公开
2013年1月，北京律师董正伟申请公开全国土壤污染数据信息。同年2月24日，他收到了环保部的政府信息公开告知书，环保部以“国家秘密”为由拒绝公开。直到2014年4月17日，环保部和国土部发布全国土壤污染状况调查公报，“国家秘密”之说不攻自破。
2012年4月1日，《民航发展基金征收使用管理暂行办法》（以下称《办法》）发布，规定民航发展基金的缴纳标准与《办法》废止的民航机场管理建设费的缴纳标准一致，被网民称为“换汤不换药”。5月16日，律师王录春申请公开国务院批准《办法》出台的文件遭到拒绝，理由依然是国家秘密。
北京大学法学院教授姜明安指出，正因为国家秘密的范围界限过于含糊，以至于有些利益秘密被掩在了“国家秘密”的幕布后面。
尽可能减少行政机关的自由度
区分哪些政府信息应该公开、哪些政府信息需要保密，涉及公民权益，也涉及国家安全，是非常复杂的问题。中央民族大学法学院教授熊文钊认为，为平衡《条例》和保密法，需要制定条例将其细化。然而保密法实施条例并未对此予以明确。
中国社科院法学所研究员莫纪宏指出，在现代国家，“政府信息公开是原则，秘密是例外”。国家秘密不能任意设置，界定保密事项必须平衡“公共利益和个人利益”；同时，保密范围和事项应明确界定，尽可能减少行政机关的自由度。
清华大学法学院副院长余凌云教授预测，将《条例》升格为法律，注定是个艰难的博弈过程。制度实施过程中暴露出的许多问题，有的是条文设计问题，有的则是理念和实践操作问题；有的是行政机关抵触使然，有的则是社会激情有余、操之过急造成的。
